Является ли перевод с транзитного валютного счета президента на его специальный валютный счет валютной операцией

Нет. Валютными операциями являются: а) операции, связанные с переходом права собственности и иных прав на валютные ценности, в том числе операции, связанные с использованием в качестве средства платежа иностранной валюты и платежных документов в иностранной валюте; б) ввоз и пересылка в Российскую Федерацию, а также вывоз и пересылка из Российской Федерации валютных ценностей; в) международные денежные переводы; г) расчеты между резидентами и нерезидентами в валюте Российской Федерации. Перекладывание из одного собственного кармана в другой валютной операцией не является. Разве что операция бас валютой)